行方不明になった若者が、年老いた姿で発見される。
急老症と呼ばれる怪事件が人々を恐怖させていた。

そんな折、下校途中何者かに拉致されてしまう主人公。
目覚めるとそこは暗い迷宮都市。
そして謎の黒い騎士が襲い掛かる。

絶体絶命のその時、エクス隊隊長「佐伯空斗」によって主人公は窮地を救われる。

才能を見出され、エクス隊員となる主人公。隊の仲間たち、そして副隊長「水無瀬シズナ」と共に、今、怪事件の捜査が始まる―。